美崙教會是美籍富德宣教士於1957年9月所設立，1960年遷至現址。1967年11月因颱風嚴重受損，拆除教會及宿舍重建，1986年10月獻堂。重建後可分成兩部分:教堂、牧師館及幼稚園教室。
創設日期：
一九五七年九月九日設立於民德里149號(民權路4號)，宣教士日式房舍。
創設者：富德教士夫婦、芮美麗教士
開拓者：花蓮門諾醫院及東區的門諾會宣教士(富德教士夫婦、芮美麗教士、白克先生、白護士…)。
獻堂日期：
第一次獻堂1963年1月28日
1962年8月購置民德里21號(民德一街31號)現址，整修日式房舍為禮拜堂及牧師館。
第二次獻堂1968年10月10日
1967年11月吉達颱風吹毀日式房舍，重建鋼筋水泥之禮拜堂及牧師館。
第三次獻堂2007年11月11日
原有禮拜堂及牧師館老舊，空間不敷使用，拆除重建。
歷屆牧者
第一任：陳順欽傳道（1959年7月 至1962年2月）
第二任：蔡炳火牧師（1963年6月 至1977年6月）
第三任：賴懿文傳道（1977年7月 至1979年6月）
第四任：廖湧祥牧師（1979年9月 至1982年9月）
第五任：吳方芳傳道（1982年 至1988年）
第六任：金培基牧師（1983年）
第七任：陳朝欽牧師（1988年~迄今）
徐慧貞傳道（1999年8月 至2000年2月）
楊國材牧師（1999年 至2004年）
徐竹英傳道（2004年11月 至2008年1月）
張得桂傳道（2008年10月 至2012年9月）
歷史沿革
門諾會美崙教會是在門諾會設立門諾會醫院後不久，帶領信主的人漸增，因此，宣教士及傳道人便積極地在醫院附近尋找開設教會的場地。參與開拓的同工先後有富德教士、芮美麗教士、白克先生、白護士、郭彼得牧師、郭天恩弟兄、魏海蓮教士、薄柔纜醫生夫婦、馬素珊教士等協助教會事工。
在1957年9月9日正式設立教會，初時是以民權路 4號宣教士的日式房子為主日聚會場所。1958年2月16日有卓紅桃、吳未等四位兄姊受洗歸主，並成立第一屆會友。
1959年陳順欽傳道受聘至本會開始服事，一年後，教會從藉用芮美麗的宣教士的日式宿舍聚會之處遷至民德一街31 號之現址，正式成為美崙教會聚會所在。
經過幾年傳福音人數成長，1962年陳順欽牧師離職，於是教會在1963年聘請蔡炳火傳道前來牧養。
1967 年11月18日教會在強烈颱風吉達的破壞下，日式木造建築遭受摧毀不堪使用，經蔡牧師、宣教士海外募款及信徒的努力奉獻下，於1968年完成重建，10 月 10 日進行獻堂感恩禮拜。
1977年6月蔡牧師與羅樂道牧師使用教會後面教室成立黎明啟智中心，展開收容
花蓮地區智障的孩子，開始投入關懷社區弱勢族群的事工(1986年遷出)。
1977年蔡炳火牧師全家遷移至台北，之後由聯會的協助下，陸續邀請賴懿文傳道和廖湧祥牧師前來牧養。
1982 年廖湧祥牧師離開後，教會聘請吳方芳傳道繼續牧養的工作，教會的事工進行平穩，教會也陸續協助「老人護佐」、「善牧中心」、「學童活動中心」的設立、並且投入在花蓮東昌附近舉辦週末兒童聖經班事工，讓更多人接觸福音。
吳方芳牧師於1988年因懷孕即將生子而辭去美崙教會牧會工作，改聘陳朝欽傳道前來牧養，直到1999年陳牧師前往美國深造三年半，期間由楊國材傳道接任牧養工作。
2003年教會再度聘請陳朝欽牧師回國繼續牧養之責，次年楊國材牧師離職，教會聘請徐竹英傳道，共同建立團隊牧養的事奉。因著聚會人數穩定成長(95-110人)及教會考量改建計劃。
2005年9-10月連續強烈颱風(泰利、卡努、丹瑞、龍王)吹毀了教會後棟建築，加速會友重建新教堂的決心，加上一位愛主的弟兄免息借給教會1000萬元，使得全體會友信心大增，終於在2006年6月24日舉行原地重建動工禮拜，2007年11月11日舉行新堂獻堂感恩禮拜。展開了美崙教會廿一世紀的事奉。
新堂啟用後，聚會人數增加，目前年平均人數是175人，並有12個小組，兩個團契、一個主日學的牧養事工在進行。
教會也在2007年開始進行社區福音預工，曾經舉辦社區課後輔導班，漸漸地感受到應該落實社區服務的需要，因此，在2009年7月22日正式成立了鳥踏石關懷協會，從事社區全人終身學習教育，也推動關懷弱勢族群舉辦贈送食物包、義賣活動(2013年6月15日)，目的就是希望教會成為社區的福音接觸點及上帝賜福的出口。另外，感謝神，美崙教會已經在2014年2月17日完全付清建堂借款2500萬之責任。
展望
未來美崙教會將朝向裝備會友成為基督宣教的精兵來邁進，我們的目標是建立316位委身於耶穌基督的門徒式宣教教會，期盼神建造教會能擁有30個小組，10位區牧，6位傳道夫婦的教會，更期盼在本會設教60週年慶時，可以在花蓮與聯會合作共同開拓一間新教會。
因為神賜福給美崙教會豐豐富富的恩典，我們理當白白得來也白白捨去，早日完成耶穌基督所吩咐的大使命。
美崙教會除了秉持門諾會的信仰核心之外，我們的使命宣言是：「建立滿有上帝恩膏與同在的Shalom宣教教會。」
我們願意實踐四大事奉信念：『張開祝福的口、伸出服務的手、得人如魚的心、分享Shalom的福。』願主耶穌基督悅納並使用美崙教會直到祂再來的日子。
阿們！
